Incontournables pour tout jardin zen qui se respecte, les Bonsaïs dans le jardin, sculptés en nuages ou selon des formes spécifiques, ajoutent une touche harmonieuse mêlant tradition et modernité. Leur esthétique très graphique structure et magnifie l'espace. À la différence des Bonsaïs classiques, qui sont des arbres miniatures cultivés en pots, les bonsaïs de jardin sont plantés directement en pleine terre ou dans des contenants et ne subissent pas de taille au niveau des racines. Au Japon, ils sont désignés sous le nom de « Niwaki ». Les parties aériennes de ces Bonsaïs dans le jardin sont méticuleusement taillées ou guidées pour recréer des paysages naturels. Cet art s'inspire des pratiques du culte Shinto et du zen, adoptant une esthétique épurée et graphique. Les arbres deviennent ainsi des éléments intégraux du paysage, formant à eux seuls un décor distinct et captivant.